在现有的5种治疗慢性乙型肝炎的核苷(酸)类似物中，替诺福韦酯和恩替卡韦起效较快，治疗48周时，替诺福韦酯在HBeAg阳性和阴性患者中，病毒转阴率分别为76%和93%；恩替卡韦分别为67%和90%。而其他三种药物明显低于上述水平。随治疗时间延长,病毒耐药突变的发生率也逐渐升高。
现有研究表明：拉米夫定第1、2、3、4年耐药变异发生率分别为14％、38%、49%和66%；替比夫定略优于拉米夫定，但总体耐药率仍很高；阿德福韦酯第1、2、3、5年耐药率分别为0％、1.6%、3.1%和29%；恩替卡韦5年累计耐药率1.2%；替诺福韦酯治疗8年未检测到相关耐药。
因在抗病毒效果上的优良表现以及耐药变异发生率极低，使得恩替卡韦和替诺福韦酯成为了全球乙型肝炎诊疗指南中的一线推荐药物。初始选择恩替卡韦和替诺福韦酯治疗，可以让患者体内病毒水平达到最大限度的抑制，从而减少甚至避免耐药发生，而其他药物难以达到这样的疗效。
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