在目前常用的乙肝抗病毒治疗药物中，恩替卡韦相对来说是一个非常安全的药物，所以对于大多数人来说，选择恩替卡韦治疗只要是满足了乙肝治疗的适应症，就可以放心使用了。但其实患者要考虑的不仅仅只有这一点，WHO曾发出警告：全球患者有三分之一是死于不合理用药，而不是疾病本身。所以合理用药，发挥药物效果最大化才是患者更应该考虑的问题。
在使用恩替卡韦额度过程中，应该注意的问题有两点：第一个注意事项，就是对于女性生育来说不太安全，或者说恩替卡韦的妊娠安全性比较低。所以，我们应该尽量避免育龄期妇女在用这个药的过程中怀孕。对于有生育要求的女性应该在备孕前半年(至少3个月)换用替诺福韦酯或替比夫定这样妊娠安全性比较高的药物。另外，对于女性万一吃着恩替卡韦就怀孕了而且非常想要这个孩子，就应该在第一时间把这个药停掉，并且换成妊娠安全性比较高的药物(替诺福韦或替比夫定或拉米夫定)。
第二个注意事项，对于拉米夫定或替比夫定耐药的患者，不能换用恩替卡韦。恩替卡韦与拉米夫定有相同的耐药位点，换用恩替卡韦则又选择了一条容易耐药的治疗途径，因此导致耐药再次发生。拉米夫定或替比夫定耐药后应该换用替诺福韦酯，或加用阿德福韦酯。
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