儿童期乙肝的治疗药物包括两大类。一类是干扰素。大量的研究表明，干扰素可使20%~40%的患儿HBeAg血清转换和ALT复常。干扰素是可以用于一岁以上小儿的，早期干扰素曾用于幼儿中枢神经系统感染、消化道感染、CMV感染等，在儿童丙型肝炎的抗病毒治疗中也发挥了重要的作用，一直也是治疗儿童乙肝很重要的药物。
另外一类是口服抗病毒药物。最早使用而且效果也不错的有拉米夫定（LAM），但是LAM的使用也存在着一个问题，就是产生耐药，产生耐药后会大大增加治疗的难度。目前可用于2岁以上12岁以下儿童的抗病毒药物有：LAM、阿德福韦酯（ADV）和恩替卡韦（ETV）。LAM之前常用于1~2岁的活动性肝炎或者联合治疗。由于LAM和ADV的高耐药发生率、低耐药屏障，其他国家已经不再使用。
恩替卡韦具有强的抗病毒作用和高耐药屏障，目前有来自全球的研究表明恩替卡韦在初治儿童中的安全性和有效性与成人相似，而且发现对生长发育没有影响。恩替卡韦也成为我国首个被批准用于小龄儿童（<12岁）慢性乙肝患者的核苷类药物。因此，2-11岁可选用恩替卡韦治疗，12-17岁可选用ETV或TDF治疗。
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