临床上我们可以把乙肝抗病毒治疗的疗效过程分为以下三级目标。基础的终点：病毒定量阴转，长期维持病毒学应答，这是进行抗病毒的基本目标。病毒定量阴转（HBV DNA检测不到），也叫做病毒学应答。干扰素治疗与核苷类治疗都能够实现这个结果。达到这一目标并不意味着马上停止治疗，因为此时的DNA阴性，全靠药物抑制了DNA的复制过程中的关键步骤，病毒在大本营依然活跃，所以一旦停药，病毒DNA很快就会再次升高，甚至会导致重症肝炎。
满意的终点：在HBV DNA持续阴性的基础上，实现ALT恢复正常，e抗原血清学转换，且停药后应答持久。e抗原阳性的慢乙肝在实现第一个目标之后继续治疗，有部分患者可以实现e抗原血清学转换，即e抗原阴转、e抗体出现，这体现着机体免疫系统和乙肝病毒之间的力量消长发生重大转机，实现了部分免疫控制。相对核苷类治疗，干扰素治疗实现e抗原血清学转换的几率相对高，停药后3年的e抗原血清学转换率在三分之一左右。理想的终点：在第二级目标的基础上实现表面抗原清除，表面抗原清除就是“功能性治愈”。也就是乙肝病人经过恰当治疗，停药后获得持久的HBsAg 消失。
达到这个结果之后再次复发的几率非常低。随着医学的不断改进，例如干扰素延长治疗、联合核苷类治疗，实现表面抗原清除的患者已有所增加。随着抗病毒治疗药物的可及性的提高，越来越多的慢乙肝患者期望获得更好的疗效，清楚目标，遵循医嘱，依从治疗，将会离更好的治疗效果更近一步。达到理想终点或者满意终点，也就是说，如果停药后HBV DNA和肝功能能够长期保持正常，就可以认为是临床治愈了。
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