慢性乙肝感染时人体和乙肝病毒之间的斗争，是免疫系统发展的过程，人体对乙肝病毒的免疫不同，因此每个患者出现的结局有很大的区别。慢性乙肝病毒携带者并不是乙肝患者，但其中有25%的人会发病，成为乙型肝炎，剩下的还是稳定的乙肝病毒携带者。每年大三阳人群有10%会自动转为小三阳，小三阳患者中有5%会自然清楚小三阳。所有的携带者中，有大约2%到3%的人会自动清除体内的病毒。通过对自然恢复人群的统计，自然清除乙肝病毒的人群与年龄和性别有关，随着年龄的变大，自然清除的人群会有所增加，女性的清除时间要比男性早。现在由于乙肝疫苗的普及，大部分的孩子都按时接种疫苗，乙肝的发病率下降了很多。
随着乙肝病毒携带者年龄的增长，乙肝携带者的人数越来越少。目前，所有的成年人中有10%是慢性乙肝携带者，但60岁以上就不到5%，90岁以上是没有发现有慢性乙肝病毒携带者的。经过很长的一段时间，人体免疫系统逐渐发展，能够有效消除乙肝病毒了，所以慢性丙肝携带者不是终身感染的。除了乙肝携带者，慢性乙肝患者也可以自发清除体内的病毒，研究随访了多位丙肝患者，发现他们中的很多人都存在有自发性HBeAg清除或抗HBe转换。随着年龄的增长，一部分的小三阳患者的体内已经检查不出HBV DNA，肝内虽然还有病毒，但已经复制很少，新生的肝细胞很少被传染，感染的肝细胞总要衰老被新陈代谢掉，经过较长时间后，“小三阳”也会自然转阴的。
虽然有一部分患者随着年龄的增长体内的乙肝病毒可以有效清除，但是如果乙肝患者不进行抗病毒治疗，病情就会逐渐严重，有大部分的患者会出现肝硬化，甚至会出现肝癌。这一部分患者远比自然清除的人数多。因此，对于乙肝患者最好还是积极采取抗病毒治疗，现在的乙肝抗病毒药物TAF对身体的副作用很小，印度版的价钱也不贵，适合乙肝患者定期服用。
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