接受达拉非尼(dabrafenib)治疗的患者的肿瘤遗传学分析

　　达拉非尼（dabrafenib）是一种 V600 突变型 BRAF 激酶的选择性抑制剂，最近在转移性黑色素瘤患者中显示出与达卡巴嗪相比改善了无进展生存期 (PFS)。目前的研究在达拉非尼的 I 期研究中检查了与反应和 PFS 相关的潜在遗传标记。

　　实验设计

　　使用定制的基因分型黑色素瘤特异性测定、PTEN测序和使用多重连接扩增和基于阵列的比较基因组杂交的拷贝数分析，对 41 名患者的基线（治疗前或存档）黑色素瘤样本进行了评估。九名患者有可用的治疗和/或进展样本。

　　结果

　　所有基线患者样本均已确认BRAFV600E/K。基线 PTEN 丢失/突变与对达拉非尼的最佳总体反应 (BOR) 无关，但它显示出中位无进展生存期 (PFS) 较短的趋势（18.3 [95% 置信区间 (CI) 9.1-24.3] vs. 32.1 周[95% CI 24.1–33]，p=0.059）。基线时较高的CCND1拷贝数(p=0.009) 和较低的CDKN2A(p=0.012) 拷贝数与 PFS 降低显着相关。尽管没有黑色素瘤具有高水平的 BRAF 扩增，但两名以疾病进展为最佳反应的患者的肿瘤中BRAF拷贝增加。

　　结论

　　CDKN2A、CCND1 的拷贝数变化和PTEN的突变/拷贝数变化与接受达拉非尼（dabrafenib）治疗的患者的 PFS 持续时间相关。结果表明，在设计和解释未来在晚期黑色素瘤患者中使用选择性 BRAF 抑制剂的试验时，应考虑这些标志物。

　　据作者所知，这项研究代表了对接受 BRAF 抑制剂治疗的患者，特别是在 I/II 期试验中接受达拉非尼治疗的患者的人类黑色素瘤组织进行的最大的基因和基因组学检查，以确定与反应相关的相关性。我们专注于编码 MAPK (Ras/Raf/MEK/ERK) 和 PI3K/Akt 通路蛋白质的基因，因为它们是显示在黑色素瘤起始和进展中至关重要的主要信号通路。细胞周期调节蛋白，如 p16、CKD4 和 cyclin D1，也已被证明在黑色素瘤中发挥重要作用，涉及这些的遗传和基因组畸变也被专门研究。我们还采用了更全面的无偏方法，使用 aCGH 来识别可能与反应相关的其他基因组畸变。

　　所有基线（治疗前和存档）样本均已确认BRAF中的 V600 突变，这是一项研究资格要求。在任何样品中均未观察到BRAF的高水平拷贝（超过 5 个）扩增。一些样本显示BRAFV600 突变体与野生型等位基因的比率相对增加，无论是在治疗前样本中还是在进展时；大多数样品显示出等效或增加的野生型等位基因。值得注意的是，来自进展性疾病患者的三个样本中有两个作为最佳反应具有BRAF的拷贝数增加，然而，其中一个来自没有匹配的预处理样本的进展样本。尽管我们的数字太小，无法从中得出任何明确的结论，但它们与先前的研究结果一致，即在一些接受 BRAF 或 MEK 抑制剂治疗的患者中，BRAF拷贝数增加与疾病进展有关 。重要的是，临床前研究表明，这种耐药机制可能会通过增加选择性 BRAF 抑制剂的剂量来克服。

　　对来自 23 名接受达拉非尼（dabrafenib）治疗的患者的样本进行了先前观察到在黑色素瘤中改变的 36 个基因的拷贝数分析。在这些基因中，较低的CDKN2A拷贝数和较高的CCND1拷贝数与较短的 PFS 显着相关。包含这些基因的区域也与我们对 aCGH 数据的整体（无偏）分析有关，因为CCND1位于 11q 上，而CDKNA位于 9p 上。CDKN2A(p16)的缺失/丢失和CCND1(cyclin D1)的扩增/过表达以前都被认为是黑色素瘤的不良预后标志物。因此，这些遗传变化可以作为响应 BRAF 抑制的预后或预测标志物。在临床前研究中， CCND1的扩增也与对 BRAF 抑制的内在抗性有关。在我们的分析中，与对 BRAF 抑制的内在抗性有关的其他基因，包括Rb1丢失、MET和SRC扩增，并未与 PFS 相关。

　　总之，我们发现PTEN缺失、CDKN2A缺失和CCND1扩增与达拉非尼（dabrafenib）治疗后 PFS 降低有关。一项探索性分析（数据未显示）表明，携带两个或所有三个一起携带与 PFS 恶化的趋势相关。尽管该分析的解释受到每组患者数量较少的限制，但将来应考虑将这种方法用于更大的样本集。最终，如果在未来的患者中得到验证， PTEN、CDKN2A和CCND1的基因分析可用于识别应考虑采用一线组合方法的患者，特别是使用由这些基因中的异常激活的药物。因此，这些数据表明与达拉非尼联合的潜在联合疗法可能是最有效的靶向。这些研究还强调了对大量患者进行相关活检的试验的持续重要性，以便我们可以深入了解临床结果的预测因素。微信扫描下方二维码了解更多：