同其他靶向药物一样，卡博替尼胶囊在应用过程中不可避免的会出现一线副作用，提前了解卡博替尼胶囊副作用有利于患者做好预防和处理的准备。1 穿孔和瘘管：临床试验中，经卡博替尼胶囊治疗后分别有3%和1%的患者出现胃肠穿孔和瘘管。全为重度且1例胃肠瘘管患者死亡（<1%）。经卡博替尼胶囊治疗后有4%的患者发生非胃肠道瘘管包括气管/食管，其中有2例（1%）死亡。2 出血：服用卡博替尼胶囊会出现严重的甚至致命的出血。与安慰剂组相比，经卡博替尼胶囊治疗的患者出现3度或以上出血事件的发生率更高（3%对1%）。
3 血栓事件：经卡博替尼胶囊治疗的患者血栓事件发生率增加（卡博替尼胶囊组和安慰剂组的发生率：静脉血栓栓塞6%对3%，动脉血栓栓塞2%对0%）。4 伤口并发症：有报告服用卡博替尼胶囊发生伤口并发症。手术前至少停用卡博替尼胶囊给药28天。后续卡博替尼胶囊的治疗需根据术后伤口愈合情况而定。5 高血压：在随机试验中，依据美国全国联盟对预防、诊断、评价和治疗高血压的标准（修订的JNC标准） 确认，由治疗诱发的1或2期高血压事件，卡博替尼胶囊治疗组发生率增加（61%对安慰剂组30%）。
6 下颌骨坏死：经卡博替尼胶囊治疗的患者有1%发生下颌骨坏死。下颌骨坏死可表现为下颌疼痛、骨髓炎、骨炎、骨侵蚀、牙齿或牙周感染、牙痛、牙龈溃疡或腐蚀、口腔外科手术后，下颌持续疼痛、口腔或下颌愈合缓慢。7 手足皮肤反应：经卡博替尼胶囊治疗的患者中，有50%发生手足皮肤反应（PPES），13%的患者发生的严重程度为重度（≥3度）。8 蛋白尿：经卡博替尼胶囊治疗，4例患者（2%）出现蛋白尿，包括1例肾病综合征，而安慰剂组患者没有出现。卡博替尼胶囊治疗期间定期监测尿蛋白。
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