格列卫（伊马替尼）耐药是现在特别重要的问题，也是很矛盾的问题。因为格列卫出现之后给胃肠道间质瘤患者带来非常好的生存获益，但随之而来的就是格列卫耐药之后怎么办的问题。针对耐药问题经历了十多年的探索，到目前为止已经找到了一些处理办法，但是也有一些不尽如人意的地方。出现耐药首先要区分耐药的形式，也就是耐药的分类。第一种是局灶性进展，即出现局灶性耐药病灶；另一种则是比较广泛的多发耐药病灶的出现，其处理并不相同。
对于耐药的患者，最重要的一个处理原则的区分在于手术的干预，对于局灶性进展的患者而言，手术的干预非常重要，但广泛进展的患者主要以药物治疗为主，药物治疗就需要做个体化的处理。关于个体化的处理，目前大家更愿意根据不同的耐药机制选择不同的后续治疗药物，这是理想化的治疗过程。比如伊马替尼用的药物浓度不够，可能后续处理的办法就是增加药物的剂量，提高药物浓度。
或者是发生了继发基因突变，比如发生了继发外显子13突变和继发外显子17突变，后续的药物治疗是不一样的。如果是继发外显子13突变，舒尼替尼可能是比较好的药物；如果发生的是继发外显子17突变，就要考虑可不可以把对于外显子17突变更有效的瑞戈非尼提前一些，因为舒尼替尼对于继发外显子17突变的治疗效果不是很理想，但这是争议性比较大的话题了。总的来说，就是根据不同耐药机制，选择相应的治疗方案。
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