依维莫司（飞尼妥）和舒尼替尼（索坦）都是治疗一线神经内分泌肿瘤的靶向药，患者不论先用哪个，都是指南一线推荐的药物。但依维莫司和舒尼替尼的作用靶点不同，所以不良反应也不一样。舒尼替尼常见的不良反应是高血压、蛋白尿，骨髓毒性，皮肤病变，少部分病人会出现甲状腺功能低下等。
但是临床上发现，整体而言舒尼替尼的毒性反应还是比较可控的，有少部分病人因为药物出现不良反应特别是骨髓毒性时，医生会酌情减量，例如减掉1/3的剂量，依然可以让病人维持不错的疗效，。依维莫司的常见不良反应同样是由它的靶点功能决定：干扰患者血糖和血脂的代谢，引起高血糖或者高血脂；很多服用依维莫司的患者会出现口腔溃疡；免疫抑制，导致在整个治疗过程当中病人会出现各式各样的机会性感染；肺毒性，导致患者出现药物相关的间质性肺炎。
依维莫司的不良反应大部分也是可控的，但是有一个临床医生非常不喜欢的不良反应就是机会性感染。因为这个不良反应贯穿药物的整个使用过程中，不知道患者在什么时候，什么条件下会出现感染，而且很多时候即便是比较轻的感染，在使用依维莫司的神经内分泌肿瘤患者身上如果处理不及时容易变成严重的感染。总而言之，对于胰腺神经内分泌肿瘤，依维莫司和舒尼替尼的疗效区别不大，临床上医生是根据药物的不良反应和病人的基础状况来做相对的优选。
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