目前，手术切除是胃肠道间质瘤（GIST）首选且唯一可能实现治愈的方法。但对于高危患者而言，术后复发的概率可达到55%-90%，而且半数还会同时出现肝转移。复发肿瘤不仅生长迅速，而且对放疗和化疗不敏感，虽然患者可二次或者反复手术，但仍然不能提高患者的生存率。手术联合靶向分子药物的综合治疗方法明显地改善了胃肠道间质肿瘤患者的预后。
但第一代口服靶向药物伊马替尼（格列卫）耐药发生率据统计可高达63%，从而使得胃肠间质瘤的治疗以及患者生存期限延长一度陷入僵局。第二代口服靶向药物舒尼替尼可以显著改善对伊马替尼耐药的胃肠道间质肿瘤的预后。不过正在接受治疗或转移复发的胃肠道间质瘤患者应坚持规范治疗的同时，应密切检测肿瘤反应及病情进展情况。
坚持定期随访，及时确认肿瘤对治疗的反应情况，以便医生根据肿瘤情况及时调整或改变治疗方案。胃肠道间质瘤是一种严重威胁人民健康的疾病，因此日常也要做好预防工作，比如不吃霉变的食物、不吸烟、少饮酒、养成良好的饮食习惯、多吃新鲜蔬菜和水果、积极治疗癌前病变。
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