CAR-T疗法的副作用还不只如此。将高度活跃的免疫细胞输入体内会引发极端后果。在诺华2015年开展的试验中，几乎半数受试者都出现了一种严重的免疫反应-细胞因子释放综合征，也叫细胞因子风暴，现在我们已经知道这是CAR-T治疗常见的一种副作用。一项在中国开展的多发性骨髓瘤1期临床试验中，35名受试者中，85%都发生了细胞因子风暴。
另一方面，由于CAR-T疗法是近年才发展起来的新技术，其长期效果目前还无法得知。要想未雨绸缪，预防其危害，办法之一可能是给细胞装上“自杀开关”，由一种小分子化合物控制其开启，这样一来，医生在需要的时候就能及时摧毁CAR-T细胞了，比如在发生脑水肿的时候。还有一种办法：把小分子作为开关，通过“打开”或“关闭”CAR蛋白来上调或下调T细胞的活性。这两种控制机制或许将在第二、三代CAR-T疗法中普及。
今天，CAR T虽然已成功上市，但其CAR-T疗法费用极高，耗时很长也是明显的缺点。以诺华的抗-CD19疗法为例，其标价高达47.5万美元/次，约是传统化疗的7倍！而且这笔高昂的花费中还不包括住院、后续随访检查的费用。操作流程所需时间更是长达22天！
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