首先在实体肿瘤的治疗中，CAR-T疗法的疗效仍然十分有限。同时，由于该种疗法会引发许多不良反应，这也是当前必须要解决的难题之一，一旦出现某一种或者几种些不良反应，则会导致治疗的失败，甚至危及患者的生命。比如，细胞因子释放综合征，脱靶效应等。
细胞因子释放综合征是CAR-T 细胞治疗中一种常见的且致死性的并发症，其临床症状一般会伴有恶心、头痛、心率加快、血压降低、皮疹、胸闷气短。它的发展进程与CAR结构、肿瘤的类型以及患者的基因多态性等相关，一般可通过设计安全的CAR或CAR-T细胞，并严格限制每次输注的细胞数量来降低其的发生，同时，某一些激素及细胞因子拮抗剂的注射也降低其死亡几率。输注CAR-T细胞后，患者体内的免疫细胞等细胞会释放大量的炎性因子，从而触发急性炎症反应，导致微血管渗漏、心衰，甚至会导致死亡。因此，在CAR-T细胞治疗的过程中，如何及时恰当地控制细胞因子的释放是至关重要的。
由于CAR-T细胞主要针对的是肿瘤相关抗原，并对其具有高度的亲和力，当其与正常组织表达的肿瘤相关抗原结合后，也会对正常组织产生毒性，这种效应即为脱靶效应。 为了降低这种风险，我们可以通过封闭正常组织上的肿瘤相关抗原，降低输注的CAR-T细胞数量、或者通过引入自杀基因系统来降低这种脱靶毒性。
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