任何药物都有副作用。由于作用机制不同，靶向药物和免疫药物副作用很不一样。靶向药物针对的往往是对肿瘤生长非常重要的蛋白，可以说是癌细胞生长的重要食粮。靶向药物通过抑制这些蛋白活性，从而达到“饿死”癌细胞的目的。
但由于种种原因，药物也会“饿死”一些正常细胞，产生副作用，这点和化疗有点类似。比如肺癌EGFR靶向药物易瑞沙，对表皮细胞有副作用，所以患者使用后会有明显的皮疹。免疫药物功能是激活免疫细胞，来对抗癌细胞。但它也有副作用，不是毫无风险的。被激活的免疫细胞除了能攻击癌细胞，也能攻击自身的正常细胞，这会产生暂时的“自免疫疾病”，严重的话是可能致命的。
目前使用的PD1抑制剂、CTLA4抑制剂等免疫药物，有代表性的副作用是免疫系统活跃导致的皮疹、肠炎、腹泻、肝损伤等，它们的临床特征和化疗或靶向疗法的副作用截然不同，要控制这类副作用需要的药物也不同。
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