肿瘤的耐药机制不是单纯的肿瘤对抗免疫系统，而是宿主、肿瘤细胞和免疫微环境共同作用的结果。免疫耐药后的治疗方式需要综合评估患者的肿瘤情况及免疫状态，深层次分析耐药机制，从不同角度考虑耐药后治疗策略。为了实现这一目标，需要优化治疗组合，以促进免疫激活和T细胞启动，阻断免疫抑制的TME途径，并维持肿瘤组织中T细胞的存在。
目前可用的治疗策略分为三种，其中联合治疗策略是延缓或逆转免疫耐药最重要也最有效的措施，各种联合治疗（如联合其他类型免疫治疗药物，化疗，抗血管生成治疗以及放疗等）或者调节肠道菌群通过纠正耐药原因，将“冷”肿瘤变成“热”肿瘤来提高免疫抑制剂的疗效。
其次是促进内源性T细胞的功能，目前有研究证实BRAF靶向抑制剂可以协同增效。最后是找到个体化肿瘤疫苗或通过体外过继输注抗原特异性T淋巴细胞或回输嵌合抗原受体T淋巴细胞疗法（CAR-T）改善T细胞缺乏状态,增强免疫抑制剂疗效。尽管后续应对策略很多，但是肿瘤免疫编辑是个连续动态变化的过程，所以探索耐药原因和和基于生物标志物的免疫治疗疗效预测应平行进行，根据耐药分类模型为患者提供个性化药物，才有可能改善癌症患者的预后，提高抗癌治疗的效率和成本效益。
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