在临床上约40%－75％急性丙肝感染者无任何不适症状，只有血清ALT升高患者在求治其他疾病或体检时才被意外发现，或因有输血史、注射史，就医时由于医生警惕性高，检测出抗-HCV 阳性和ALT升高而被发现。丙肝临床症状一般较轻，被称为亚临床型。有一半患者可自行康复。但再次暴露于HCV后，又会重新感染。
感染HCV后，会出现周身不适、乏力、食欲减退、偶有恶心，少数患者有肝区疼痛，黄疸等典型急性丙肝临床症状。但总的来说，出现黄疸的病例很少，即使有黄疸也相对较轻。ALT可正常或仅仅有轻度升高，部分患者ALT持续升高。一般将其分为反复发作型、持续异常型和健康携带型3个类型。
部分病例常与乙型肝炎病毒重叠感染，丙肝临床症状较单纯丙型肝炎感染重。感染的严重程度往往与输多份血、输血量大、输入的血中肝炎病毒复制活跃有关，接受血者有可能患急性肝坏死或亚急重型肝炎，预后差，病死率高。
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