随着医疗水平的发展，丙肝治疗的效果也越来越好，吉三代的出现更是让丙肝成为了可以治愈的慢性疾病，但是在吉三代诞生之前，干扰素一直是临床上常用的治疗丙肝的药物。干扰素的缺点就是副作用比较多。干扰素的常见不良反应包括：流感样症候群、骨髓抑制、失眠、抑郁、食欲减退、体重减轻、腹泻、皮疹、脱发和注射部位无菌性炎症等。干扰素的少见不良反应包括：精神异常、肾脏损害(间质性肾炎、肾病综合征和急性肾衰竭等)、感觉或运动神经病、肠病、肌无力、心血管并发症(心律失常、缺血性心脏病和心肌病等)、视网膜病变、听力下降、间质性肺炎和肝病加重等。发生上述反应后应该停止治疗。
干扰素可诱导自身抗体产生，包括：抗甲状腺抗体、抗核抗体和抗胰岛素抗体。多数情况下无明显临床症状，部分患者可出现甲状腺疾病(甲状腺功能减退或亢进)、糖尿病、血小板减少、自身免疫性肝病、溶血性贫血、银屑病、白斑、类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮样综合征等，严重者则需要中断治疗。
所以患者在使用干扰素治疗丙肝前应检测：①生化学指标：包括ALT、AST、胆红素、白蛋白、血糖及肾功能；②血常规；③其他：甲状腺功能和自身抗体，排除甲状腺疾病和自身免疫性疾病；④特殊人群：对于中年以上患者应做心电图检查、测量血压，对育龄女性在治疗前应进行尿人绒毛膜促性腺激素(HCG)检测以排除妊娠。医生需要根据治疗前检查和以往病史决定患者能否使用普通干扰素或聚乙二醇化干扰素治疗。
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