丙型肝炎病毒（HCV）感染实际上是一个多方面的系统性疾病，包括肝内和肝外并发症。慢性丙型肝炎（HCV）感染患者可能会出现代谢紊乱、肾脏疾病和神经系统疾病等。慢性丙型肝炎（HCV）感染患者常见代谢紊乱。HCV相关肝外表现最常见的内分泌和代谢性疾病为自身免疫性甲状腺疾病和2型糖尿病。HCV具有嗜肝细胞和嗜淋巴细胞特性，可引起慢性肝损伤和多种肝外表现。慢性丙肝症状与HCV感染后可引起淋巴组织增生紊乱导致的免疫系统失调有关；另一方面也可能与慢性HCV 感染可造成循环免疫复合物聚集和（或）自身免疫性疾病的特点相关。
HCV相关肝外表现患者甲状腺功能紊乱的发生率较高，不仅仅是对照患者，而且在无冷球蛋白血症的HCV感染者中也可出现。因此，需要密切监测甲状腺功能。与非HCV 感染人群相比，HCV 患者甲状腺乳头状癌的发生率较高，特别是伴有自身免疫性甲状腺疾病的HCV相关肝外表现患者。肝脏在碳水化合物代谢中起着重要的作用，因此慢性肝脏疾病易合并糖代谢紊乱、糖耐量受损和胰岛素抵抗，最终导致2型糖尿病。一些流行病学研究显示2型糖尿病患者有较高的HCV 感染率。在瑞典进行的全国基于人群的登记研究中，2型糖尿病是慢丙肝患者肝外表现的第二起因，其流行率高于一般人群的两倍。
慢性丙肝症状中的肾损伤可能包括几种组织病理学模式，可能存在肾小球和/或间质性损伤。膜增生性肾小球肾炎（MPGN）1型是最典型、最常见的病理实体。独立型MPGN或其他较不常见的肾脏病患者通常轻微血尿和轻度蛋白尿；在更严重的情况下，大量的蛋白尿会导致肾病综合征，或者较少导致急性肾炎综合征、急性肾功能衰竭和/或少尿/无尿症。这些病症可能是造成水肿、心包或胸腔积液和/或终末器官损伤的高血压的原因。冷球蛋白是一种特殊类型的免疫球蛋白，正常人体内含量甚微，在<37℃的情况下出现可逆性沉淀，故名冷球蛋白。冷球蛋白中通常含大量HCV抗原或(和)抗-HCV，冷球蛋白中HCV RNA或抗-HCV水平比血清中更高。在HCV相关肝外综合征背景下，混合型冷球蛋白血症综合征代表了由于肾脏受累而复杂和有害的表现之一。
慢性丙肝症状包括认知障碍，可明显降低生命质量，升高脑血管事件和卒中风险。HCV认知功能障碍的特征是难以集中注意力和思维迟缓。在临床上通常表现为难以处理更高级功能信息，尤其是数字、持续关注、精神运动速度和学习记忆。与其他肝脏疾病的对照人群相比，慢性HCV患者表现不佳，并且伴随着合并症的存在和纤维化增加，表现更为不佳。其他研究已经证实了上述发现，并再次发现了工作记忆、持续注意力和信息处理速度的受损。多项研究已经显示了HCV与卒中之间相关。台湾Liao及其同事随访了4094名HCV患者和16376名无HCV成年匹配队列。研究估计了潜在相关因素，包括HCV感染、年龄、性别、收入状况、吸烟戒烟、酒精相关疾病、肥胖和慢性疾病史和药物使用等因素的多变量调整风险比（HR）和95%置信区间（CI）。
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