通过纵向采样的92个血浆标本的病毒基因组直接深度测序（即在细胞培养中没有病毒分离）来估计法匹拉韦处理对EBOV基因组进化的影响。每个基因组位置的平均测序覆盖率为26，600个读数，并考虑使用频率高于1%的替代进行进一步分析。为了进行比较，分析了在D5，D7和D8-D10获得的74个样品。其中包括来自未经处理的动物的38个样本（D5，N =13;D7，N =13;D8–D10， N = 12）和36来自治疗动物（100毫克/千克BID：D5，N =3;D7，N =3;D8–D10，N =3;150毫克/千克标价：D5，N =5;D7，N =4;D8–D10，N =4;180毫克/千克标价：D5，N =4;D7，N =5;D8–D10，N =5）。在D3和D11-D21期间对18个样品进行了额外的测序。
参考接种菌株，主要变异（即在给定样本中一半以上的相应读数中发现的突变）很少见。仅在3只接受治疗的动物中观察到它们，导致总共12个突变（D5：N =3;D7：N =6;D10：N =3），其中仅 3 个频率超过 80%。这些突变本质上是过渡（10/12），所有改变的位点都位于具有大多数非同义突变（10/12）的编码区域，这种模式与正在进行的适应性突变体选择兼容。然而，没有观察到聚合酶基因突变，因此没有证据表明出现具有法匹拉韦耐药性的突变体。
对于次要变异（频率为>1%和<50%）的变异，观察到完全不同的情况，其数量以剂量依赖性方式增加。这包括每只猴子的次要突变位点数量和每个病毒基因组的突变数.这种突变的积累是药物浓度依赖性的（P <0.001），并且与较低水平的血浆感染性病毒颗粒有关，特别是在D7.
预计法匹拉韦的诱变机制不会对密码子的3个位置产生不同的影响。密码子位置上突变的随机分布将导致EBOV开放阅读框中的非同义突变比例约为78%，接近在接种菌株中观察到的值（73%），从繁殖到细胞培养物上。在未经治疗和治疗的动物中观察到非同义突变的比例较低，并且在D8-D10时随着时间的推移减少至51%-54%，表明具有非同义有害突变的变异呈阴性选择。由于预计法匹拉韦会产生大量此类非同义突变体，因此这些突变体的阴性选择有助于病毒载量的降低，从而降低分子的抗病毒活性。
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