丙肝新药吉三代是目前治疗丙肝效果最佳的药物，但与其他药物一样，吉三代在使用时也存在副作用，但吉三代副作用大部分比较轻微，在临床试验中，对于接受吉三代治疗12周的受试者，因不良事件而永久停止治疗的受试者比例为0.2％。对于单独接受吉三代治疗的患者，最常见不良反应是头痛（22%），疲劳（15%），恶心（9%），虚弱（5%）和失眠（5%）。对于吉三代+利巴韦林治疗的患者，最常见的不良反应是疲劳（32％），贫血（26％） ，恶心（15％），头痛（11％），失眠（11％）和腹泻（10％）。
受FDA黑框警告的是，在开始用吉三代治疗之前，应确定所有患者当前或之前是否检测出过乙肝病毒感染（HBV）。目前有关于丙肝/乙肝合并感染患者在对丙肝的治疗过程中或已经治愈之后、乙肝被再度激活的案例。这些患者正在接受或已经完成丙肝的直接抗病毒药物的治疗并且未接受乙肝的抗病毒治疗。甚至有些病例发生急性肝炎，肝功能衰竭和死亡。对于丙肝/乙肝合并感染者，应当在丙肝治疗期间和治疗后随时监测其肝功状况和乙肝状况，启动适当的患者管理。
严重肾功能损伤或终末期肾病患者禁用：对于严重肾功能不全（肾小球滤过率[eGFR]小于30 mL/min/1.73㎡）或终末期肾病（ESRD）的患者，由于暴露量较高（高达20倍），因此无法给予剂量建议。不可与胺碘酮共同给药，可导致严重的症状性心动过缓。不可与诱导剂P-gp和或中等至有效的CYP诱导剂共有，可降低治疗效果。在吉三代+利巴韦林共同使用时，对利巴韦林有不良反应者慎用。
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