在直接抗病毒药物出现之前，干扰素一直是我国治疗丙肝的常见方法，但干扰素副作用很大，所以直接抗病毒药物逐渐取代了干扰素的治疗地位。目前，已经有几种直接抗病毒药物在我国上市，不同基因型的丙肝病毒感染都有多种治疗方案可以选择。那么干扰素和直接抗病毒药物相比，到底有何区别呢？从价格来看，聚乙二醇干扰素每支近千元，48周治下来，仅干扰素的花费就需要近5万元。如果再加上治疗期间监测和治疗不良反应的花费，可能需要至少6万～7万元。而现在这些直接抗病毒药物治疗的花费基本与48周聚乙二醇干扰素的花费相当。
从安全性看，干扰素联合利巴韦林病人不良反应常见，耐受性差。别说老年患者或肝硬化患者，就说年轻力壮的小伙子，也有不少打了几针干扰素就败下阵来。干扰素和利巴韦林的禁忌证也很多，许多患者因禁忌证而无法治疗。我国的一项研究显示，887例HCV感染者中52.5%的患者存在至少1条不适合干扰素方案治疗的疾病或实验室检查异常，如血细胞减少、自身免疫性疾病、高血压、肝硬化、糖尿病、甲状腺功能异常或年龄>70岁等。而直接抗病毒药物不良反应少见，安全性好，无论有无肝硬化，或者有肾脏疾病、血液病，都能使用直接抗病毒药物治疗。
从治疗效果来看，以干扰素为基础方案的治疗方案病毒应答率低。基因1型丙型肝炎使用普通干扰素单药治疗的应答率只有2%～7%，联合利巴韦林后的应答率也仅达到16%～28%。其他基因型的疗效稍好，但仍有至少1/3的患者无效。而基因1型丙型肝炎是全球流行的主要基因型病毒。因此，大部分HCV感染者无法得到有效的治疗。而直接抗病毒药物治疗丙型肝炎，只要选择适当的药物，持续病毒学应答率都可以达到90%以上。从疗程看，干扰素的疗程至少24周，多数需要1年。而直接抗病毒药物治疗丙型肝炎的疗程多数12周，有些需要治疗24周。从治疗的便利性看，干扰素需要注射治疗，冰箱保存。而直接抗病毒药物,比如吉三代等只需要口服，常温保存，携带方便，出差旅游期间都能治疗。
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